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時間事件
1997

香港回歸祖國,成為中華人民共和國香港特別行政區。根據《基本法》,香港特區仍然是單獨的關稅地區,而海關關長則成為香港特區政府的主要官員之一。

1998

《防止盜用版權條例》生效,任何人士製造光碟須向香港海關領取牌照。

1999

成立特遣隊,打擊非法燃油、應課煙草及侵權等零售活動。

2000

海關成立反互聯網盜版隊,與業界合作打擊網上盜版活動。

海關擔任世界海關組織亞太區副主席,引領亞太地區成員,制定「地區發展策略綱領」,作為亞太區海關工作的策略藍本。

海關設立電腦法證所,為各科系提供電腦鑑證技術支援。

2002

海關推出電子應課稅品許可證電子聯通系統,應課稅品持牌人可以電子方式申請許可證。

2003

海關在落馬洲管制站設置兩座固定X光車輛檢查系統,大大加快跨境車輛及貨物清關程序。

海關實施「開放式保稅倉系統」,海關人員不再駐守保稅倉,減省業界營運成本及便利商貿。

海關在四個陸路口岸管制站設立「車牌自動辨認系統」,自動記錄過境車輛的車牌號碼,大大縮短車輛清關時間。

2005

海關在各口岸實施「紅綠通道系統」,提升旅客通關效率。

2006

海關聯同知識產權署及香港版權業界,推出「青少年打擊網上盜版大使計劃」,打擊網上侵權行為。

2007

海關聯同內地海關總署,在香港特區舉辦「泛珠三角商貿通關便利化論壇暨區域海關關長聯席例會」,加強在泛珠三角區域中各海關與及業界的合作。

2009

海關慶祝成立一百周年。

邁向新紀元(1997 - 2009)