內務行政科、財務管理科及資訊科技科

  1. 一般行政事務

  2. 人事及編制

  3. 會計及物料供應

  4. 資訊科技

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部隊行政科

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訓練及發展科

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應課稅品科

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檢控及管理支援科

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項目策劃及發展科

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供應鏈安全管理科

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陸路邊境口岸科及鐵路及渡輪口岸科

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機場科

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港口及海域科

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稅收及一般調查科

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情報科、海關毒品調查科及版權及商標調查科

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有組織罪案調查科

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貿易管制處