香港海关是世界海关组织及亚太经济合作组织的成员。
世界海关组织是一个政府间组成的机构，其宗旨是简化和协调海关制度与程序、提升海关检查技术、改善海关运作，以及促进各地政府的合作，从而推动国际贸易发展。世界海关组织将成员编入六个地区，而中国香港则属于世界海关组织亚太地区区域的成员。
香港于1987年起加入世界海关组织成为会员。同年，世界海关组织成立首个区域情报联络中心，而香港海关则代表世界海关组织亚太地区管理该联络中心至1998年12月，协调区内的情报交流工作。此外，香港海关于2000年开始担任世界海关组织副主席（代表亚太区），为期两年。在担任副主席期间，香港海关代表亚太区成员出席世界海关组织会议，并协调制订区域方案，以加强区域内的行动合作。一直以来，香港海关积极参与世界海关组织的活动和区域项目，并被选为世界海关组织政策委员会2011-2014年度的亚太区代表。
亚太经济合作组织（亚太经合组织）在各政府之间提供一个平台，目的是让亚太区内经济体系以非官方形式就贸易与经济问题交换意见。
香港海关于1993年3月起加入亚太经合组织，主要参与亚太经合组织贸易及投资委员会辖下海关程序小组委员会的事务。该委员会的主要目标是简化和协调区域间的海关程序，确保货物和服务能于区域内快捷及安全地流转，并且协调和促进边境管制。
为加强合作打击跨境罪行，香港海关自一九九一年以来，先后与三十一个国家及地区，包括阿根廷、澳洲、比利时、柬埔寨、加拿大、斐济、法国、格鲁吉亚、印度、印尼、以色列、意大利、日本、韩国、中国澳门、马达加斯加、马尔代夫、墨西哥、蒙古、新西兰、秘鲁、新加坡、泰国、荷兰、中华人民共和国、刚果共和国、俄罗斯、乌克兰、英国、美国及越南的海关机构签订不具约束力的海关合作安排。
此外，香港特别行政区政府于一九九九年与欧洲共同体（现已改名为欧洲联盟）签订具约束力的《海关合作协定》，旨在促进香港海关与欧盟成员国海关之间的合作。