海關為業界提供了空運貨物清關系統，與香港國際機場內的空運貨物營運商接軌。

空運貨物清關系統的特點包括：

• 專為加快空運貨物清關而設；
• 為海關及貨運商提供直接系統介面聯繫，方便雙方交換貨物資料及海關清關指示；
• 提供一星期七天，一天24小時的服務；以及
• 涵蓋各類空運貨物的清關程序。

實施空運貨物清關系統旨在達到以下效益：

• 營造公平競爭的環境；
• 便利貿易；
• 方便檢索海關行動編碼；以及
• 不受限制貨物可快速清關。

在航空、遠洋及內河貨物方面，承運商可透過電子貨物艙單系統，同時向香港海關、政府統計處及工業貿易署以電子形式提交貨物艙單。詳細資料，請參閱有關電子貨物艙單系統的使用指南及小冊子。

海關亦設立了海運貨物預約網站，讓收貨人或他們的代表可以預約海關人員查驗被扣留的海運貨物。

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「貿易單一窗口」（「單一窗口」）第三階段首批服務已於2026年5月1日順利推出，取代「道路貨物資料系統」，供業界提交道路預報貨物資料。「單一窗口」作為貨物清關平台，已登記的付運人或其授權代理人可透過「單一窗口」以電子方式提交道路貨物的預報貨物資料。貨車司機在運送道路貨物經過陸路邊境管制站時，可享受無縫且快捷的海關清關服務。